Logo Sekolah.
Setiap warna dan elemen pada lambang rasmi SMK Putrajaya Presint 16(1) membawa makna yang mencerminkan nilai, hala tuju, dan aspirasi sekolah.
Lambang rasmi yang dipakai pada surat menyurat, dokumen rasmi, dan kelengkapan sekolah sejak penjenamaan semula pada 10 Oktober 2007.
Empat warna, empat makna.
Keharmonian dan perpaduan dalam kalangan warga sekolah serta antara sekolah dengan masyarakat setempat.
Kemurnian matlamat dan hasil pendidikan yang ingin diperolehi oleh sekolah.
Masyarakat yang berdaulat di bawah naungan Yang Dipertuan Agong dan institusi Raja-raja.
Kejelasan misi dan visi yang ingin dicapai oleh sekolah.
Setiap bentuk bercerita.
Logo MSC
Penerapan teknologi ICT dalam aktiviti pengajaran dan pembelajaran di sekolah.
Empat Helai Buku
Empat dimensi pembangunan murid: jasmani, emosi, rohani, dan intelek (JERI).
Buku
Sekolah sebagai pusat ilmu pengetahuan dan pembelajaran.
Dua Pecahan Bulatan
Kerjasama, toleransi, dan persetujuan yang erat antara sekolah dengan ibu bapa.
Bulatan
Persiapan murid untuk menghadapi cabaran globalisasi pada peringkat dunia.
Bumi
Aplikasi ilmu pengetahuan dalam pembangunan teknologi untuk manfaat komuniti global.