Sekolah Menengah Kebangsaan Putrajaya Presint 16(1) berdiri di jantung Pusat Pentadbiran Putrajaya sejak 6 Januari 2003. Tujuh blok dalam kampus seluas 12.5 hektar, rumah kedua kepada 1,437 pelajar dan 80 warga pendidik.

Sekolah memulakan operasi pada 6 Januari 2003 sebagai SMK Putrajaya 3 dengan hanya 145 orang murid, tiga kelas Tingkatan 1 dan dua kelas Tingkatan 2. Hari ini kampus seluas 12.5 hektar ini menempatkan tujuh blok utama, sembilan makmal moden, dan menawarkan 27 mata pelajaran merentas empat bidang akademik.
Dahulu dikenali sebagai SMK Putrajaya 3 sebelum penjenamaan semula mengikut presint.





